13 maja 2020 roku Minister Funduszy i Polityki Regionalnej poinformowała o częściowym zawieszeniu stosowania niektórych zapisów Wytycznych w zakresie realizacji przedsięwzięć z udziałem środków Europejskiego Funduszu Społecznego w obszarze edukacji na lata 2014-2020 z dnia 11 września 2019 r.
Częściowe zawieszenie wytycznych stosuje się do projektów, które zakładają działania na rzecz walki z epidemią COVID-19, wywołaną wirusem SARS-CoV-2, i jej skutkami lub w których spełnienie warunków opisanych w wytycznych stało się niemożliwe ze względu na epidemię. Wyłączenia stosuje się zarówno dla projektów nowo wybieranych do dofinansowania, jak i już realizowanych, również na podstawie poprzednich wersji.