3 lipca 2015 r. minister infrastruktury i rozwoju Maria Wasiak zatwierdziła „Wytyczne w zakresie kontroli dla PO WER 2014-2020”. Celem wytycznych jest zapewnienie jednolitego systemu kontroli w ramach Programu Operacyjnego Wiedza Edukacja Rozwój.
Wytyczne uwzględniają dotychczasowe doświadczenia kontrolne Instytucji Zarządzającej oraz Instytucji Pośredniczących w ramach Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki na lata 2007-2013. Zarówno określony w nich sposób planowania, jak i przeprowadzania kontroli projektów mają na celu zapewnienie wysokiej jakości działań kontrolnych oraz podkreślenie ich charakteru prewencyjnego. Wytyczne uwzględniają także rekomendacje Komisji Europejskiej i Europejskiego Trybunału Obrachunkowego wynikające z audytów prowadzonych przez te służby w latach 2007-2013 oraz kierunek zmian nakreślony w szczegółowych wytycznych na najbliższe lata.
Wytyczne są skierowane do Instytucji Pośredniczących w ramach PO WER. W dokumencie określone zostały m.in. ogólne zasady realizacji kontroli, zakres podmiotowy i przedmiotowy kontroli oraz tryb kontroli na miejscu.